Το ίδιο βράδυ και σύμφωνα με μαρτυρίες αυτοπτών μαρτύρων , τμήμα ένοπλων Τσάμηδων , υπό την ηγεσία Γερμανού υπαξιωματικού έκανε μπλόκο στην Παραμυθιά . Με κατάλογο που κρατούσε ο Μαζάρ Ντίνο , επικεφαλής της τοπικής « τσάμικης αστυνομίας », συνελήφθησαν 53 κάτοικοι της κωμόπολης και κλείστηκαν στο υπόγειο του δημοτικού σχολείου . Από τους 53 συλληφθέντες αφέθηκαν
ελεύθεροι τέσσερις . Τα ξημερώματα της 29 ης Σεπτεμβρίου οι 49 κρατούμενοι μεταφέρθηκαν στο χωράφι του Τσαμάτου στην συνοικία Άγιος Γεώργιος της Παραμυθιάς και εκτελέστηκαν από απόσπασμα που αποτελούσαν οκτώ Γερμανοί στρατιώτες και έξι Τσάμηδες .
Ο Ελβετός μηχανικός Χανς - Γιάκομπ Μπίκελ απεσταλμένος της Διεθνούς Επιτροπής του Ερυθρού Σταυρού που έφθασε μέχρι την Πάργα στα τέλη Σεπτεμβρίου του 1943 μεταφέροντας τρόφιμα και φάρμακα , περιέγραψε αργότερα την κατάσταση που βρήκε με βάση και την ενημέρωση που είχε από εκπροσώπους της κοινότητας « για τις βιαιοπραγίες των Τσάμηδων εναντίον του χριστιανικού πληθυσμού στην περιοχή γύρω από το Φανάρι »:
« Η κατάσταση των ελλήνων (…) στο Φανάρι , στη μεγάλη πεδιάδα κάτω από την Παραμυθιά (…), όπου κάθε χρόνο συλλέγονται 15.000 τόνοι ρύζι , ήταν πολύ σοβαρή . Είκοσι χιλιάδες Αλβανοί που ζούσαν εκεί ασκούσαν φοβερή τρομοκρατία στον υπόλοιπο πληθυσμό , αρχικά με την υποστήριξη των Ιταλών και τώρα πλέον των Γερμανών . Μόνο στο Φανάρι καταστράφηκαν 24 χωριά . Ολόκληρη η σοδειά έπεσε στα χέρια των Αλβανών (…) Στο ταξίδι μου διαπίστωσα πως οι Αλβανοί κρατούσαν τον ελληνικό αγροτικό πληθυσμό κλεισμένο μες στα σπίτια του . Νεαροί Αλβανοί που μόλις είχαν τελειώσει το σχολείο τριγύριζαν στα χωριά βαριά οπλισμένοι . Οι Έλληνες είχαν εγκαταλείψει πλήρως την Ηγουμενίτσα και είχαν φύγει στα βουνά . Οι Αλβανοί πήραν μαζί τους όλα τα ζώα από τα ελληνικά χωριά . Τα χωράφια έμειναν ακαλλιέργητα ».
Η « παραγραφή » του εγκλήματος
Μετά τον πόλεμο ο δικαστικός Α . Τούσσης του Ελληνικού Εθνικού Γραφείου Εγκλημάτων Πολέμου ξεκίνησε στην Αθήνα δικαστική έρευνα εναντίον μιας σειράς Ιταλών , Αλβανών και Γερμανών και για τα εγκλήματα στην περιοχή της Παραμυθιάς . Διατάχθηκε μάλιστα και η σύλληψη των κατηγορουμένων και η προφυλάκισή τους μέχρι την έναρξη της κύριας δίκης . Όμως από την πλευρά των ελληνικών αρχών ουδεμία ενέργεια έγινε για την έκδοση των κατηγορουμένων που βρίσκονταν στο εξωτερικό . Τελικά τον Απρίλιο του 1965 το Συμβούλιο Εφετών αποφάσισε την οριστική παύση των διώξεων λόγω παραγραφής των αδικημάτων .
Έρευνες και ανακρίσεις έγιναν και στην τότε Δυτική Γερμανία . Μετά από ανάκριση από τη βαυαρική αστυνομία του Γερμανού λοχαγού Άλφρεντ Χίντελαγκ , που είχε ορίσει το απόσπασμα για την εκτέλεση των 49 ομήρων στην Παραμυθιά , οι εισαγγελικές αρχές του Κέμπτεν , την ίδια περίοδο με τις ελληνικές , διέκοψαν την έρευνα με το ακόλουθο σκεπτικό :